Leur emploi peut dépendre du contexte
Dans l’usage actuel, il semble qu’on emploie plus souvent « capacité de » quand capacité est précédé de l’article la (ex. la capacité de changer les choses) et « capacité à » quand il est précédé de tout autre mot (ex. une grande capacité à changer les choses). Mais cette règle n’est pas absolue. Par ailleurs, l’expression « être en capacité de » est très en vogue dans les médias de France (ex. ce président n’est plus en capacité de gouverner).
Le Morisset 